Oddělení autoprovozu zajišťuje provoz a držbu rektorátních vozidel. Zajišťuje také požadavky na přepravu zaměstnanců služebními rektorátními vozidly. Vozový park v současné době zahrnuje 9 služebních vozidel vč. Autobusu, valníku a jednoho mikrobusu.
Rezervace rektorátních vozidel lze provést skrze rezervační systém pro služby Autoprovozu, který je dostupný po úspěšném přihlášení do systému Intranet na adrese http://intranet.czu.cz , konkrétně pod rubrikou Personália, zde je k dispozici příslušný návod.